ggplot2: ボックスプロットにドットプロットを重ねる

ggplot2 を使うと、ボックスプロットに、ドットプロットを重ねて描画することもできます。バイオリンプロットのときと同様に、 geom_boxplot() と geom_dotplot() を + で続けて指定します。

g + geom_boxplot() + geom_dotplot()

g は、ggplot のオブジェクトです。具体的には、下記のようなコードです。

input_data <- tibble("Sample1" = rnorm(100),
                     "Sample2" = rnorm(100))

plot_data <- input_data %>%
  gather(Sample1, Sample2, key = "sample", value = "read_count")

g <- ggplot(plot_data, aes(x = sample, y = read_count))

g + geom_boxplot() +
  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "center", binwidth = 0.1)

下記のようなイメージが出力されます。

ボックスプロットにドットプロットを重ねた例。

なお、ドットを整列させない場合は、 geom_jitter() 関数を用います。

g + geom_boxplot() + geom_jitter()

ドットが横方向にランダムに描画されます。ランダムな結果なので、実行するたびにドットの位置が変化します。（見た目だけの問題なので、ばらつきに意味はありません。）geom_point(position = “jitter”) でも同様です。

geom_jitter の例。

 

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投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。