ここ10年ほどで、NGSの手法が広く使われるようになってから、RNA-seq について、検出されたリードのマッピングや、カウントの方法について様々なアルゴリズムやソフトウェアが考案されてきました。
RNA-seq のデータ解析について、非常によくまとめられたサーベイが昨年(2016年)出ていますので、ぜひ、一読をお勧めします。
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