AmiGO を使った Gene Ontology (GO) の検索

GOの検索

AmiGO では、特定の用語(キーワード)が GO に登録されているかどうかの検索が行えます。ボックスに検索したい用語を入力し、「送信」ボタンをクリックします。

検索画面

 

下図のような検索結果が表示されます。必ずしも検索した単語が登録されているとは限らないため、その単語を含む用語や、似ている用語、シノニムなどが表示されます。検索結果の各用語の右側に表示されている xxxx gene products は、その用語をアノテーションに持つ遺伝子の数です。この例の場合、 アポトーシス抑制 (GO:0043066 negative regulation of apoptotic process) をアノテーションに持つ遺伝子が、3579個存在するということが示されています。(標準のフィルター無しの設定では、すべての生物種における結果の合計値です。)

検索結果
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

「AmiGO を使った Gene Ontology (GO) の検索」への1件のフィードバック

  1. gene products とあるので、正確には遺伝子レベルではなく、タンパクの個数です。

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