簡単！Linuxコマンドでマイクロアレイ解析結果自由自４

今回も、引き続き、マイクロアレイ解析結果をLinuxコマンドを用いて簡単に操作する方法を紹介していきたいと思います。今回は、列の並べ替えに関する操作を扱いたいと思います。

awk
前回紹介したsed同様に、代表的なテキストフィルタリングツールです。
色々な使い方ができるツールですが、今回は使用する機会の多い列の並び替えについてです。

使い方
cat test.txt | awk ‘BEGIN{FS=”\t”; OFS=”\t”}{print $3, $2, $1}’
# タブ(\t)区切りのテキストファイルを、形式は同じで、指定した列の順番（$1,$2…）に並び替えます。
# 本例のように、列の並び替えを行うだけの場合は、決まった書き方で対応可能です。($番号を変更)

サンプル＞
# ターゲットとなるテキストファイル
$ cat test.txt
no      columnA columnB
1       mouse   aaa
2       cat     bbb
3       mouse   ccc
4       mouse   ddd
5       cat     eee

# 列を逆順に並べ替え
$ cat test.txt | awk 'BEGEN{FS="\t"; OFS="\t"}{print $3, $2, $1}'
columnB columnA no
aaa mouse 1
bbb cat 　2
ccc mouse 3
ddd mouse 4
eee cat 　5

# 列を逆順に並べ替え＆抽出
$ cat test.txt | awk 'BEGEN{FS="\t"; OFS="\t"}{print $3, $1}'
columnB no
aaa 1
bbb 2
ccc 3
ddd 4
eee 5