マイクロアレイデータの解析例 2.4 （機能でクラスタリング、ヒートマップ）

代謝系の遺伝子の発現パターン以外の他の機能でクラスタリングした場合は、どうでしょうか？

アポトーシス関連遺伝子をクラスタリング

アノテーションにアポトーシス関連の用語を持つ遺伝子をクラスタリングした結果です。がん細胞のクラスターに入った iPS 細胞の株はありません。

アポトーシス関連遺伝子のクラスタリング結果のヒートマップ。
アポトーシス関連遺伝子のクラスタリング結果のヒートマップ。

TGF-beta シグナリング関連遺伝子をクラスタリング

アノテーションに TGF-beta シグナリング関連の用語を持つ遺伝子をクラスタリングした結果です。がん細胞に比較的近いクラスターに入る株がありました。 hiPS_409B2_p52 です。ただ、この情報だけから判断するわけにはいきません。

TGF-beta シグナリング関連遺伝子のクラスタリング結果のヒートマップ。
TGF-beta シグナリング関連遺伝子のクラスタリング結果のヒートマップ。
TGF-beta シグナリングのクラスタリング結果のうち、がん細胞に近いクラスター。
TGF-beta シグナリングのクラスタリング結果のうち、がん細胞に近いクラスター。

参考

ヒートマップの拡大図です。

 

関連記事:

  1. マイクロアレイデータの解析例 2.3 （代謝系の遺伝子をクラスタリング）
  2. マイクロアレイデータの解析例 2.5 （CD抗原、転写因子でクラスタリング、ヒートマップ）
  3. マイクロアレイデータの解析例 2.2 （stem cell 関連遺伝子のヒートマップ）
  4. マイクロアレイデータの解析例 2.6 （組織が異なる場合の散布図）

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

「マイクロアレイデータの解析例 2.4 （機能でクラスタリング、ヒートマップ）」への1件のフィードバック

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