MAMP

自分のマイクロアレイデータやその解析結果をデータベース化して、整理、保存するには、 “MAMP” が便利です。

MAMP は、MySQL データベースをブラウザ(Safari や Chrome)から操作できるようにしたものです。SELECTWHERE などの命令を覚えていなくても、比較的簡単に扱えます。

一度、データを MAMP に格納してしまえば、数万行のデータも一瞬で検索できます。エクセルファイルを開いて検索するより、オススメです。有償版 (MAMP Pro) と無償版 (MAMP) がありますが、通常の使い方であれば、無償版で十分に対応できます。

 

MAMP logo
MAMP

 

なお、Windows には、 WampServer があります。

 

SQL言語 (MySQL)

SQL言語を使った遺伝子の選択

マイクロアレイのデータを処理するときに知っておくと便利なツールとして、SQL言語があります。コンピューターにいろいろな命令を出すのが、プログラミング言語と呼ばれるものです。その中でもデータベースの処理に特化した言語が、SQL言語です。(SQL言語にはいくつかの種類があり、ここでは MySQL という種類を用います。)

プログラミング言語の中でも、SQL言語は、人間にも比較的読みやすい言語です。例えば、次のようなものです。

SELECT ProbeID, GeneSymbol
FROM 'アノテーションのテーブル名';

アノテーションのデータが、データベースのテーブルに格納されていれば、このような表現で、ProbeID と GeneSymbol の一覧を取得できます。

アノテーションの GO に “tumor” を含む遺伝子すべてを取得するには、次のようなSQL(クエリー)を用います。

SELECT a.ProbeID, a.GeneSymbol, a.GO, d.Sample1, d.Sample2
FROM annotation a
INNER JOIN data d
ON a.ProbeID = d.ProbeID
WHERE a.GO LIKE '%tumor%';