tibble 形式のテーブルを出力するには、write_tsv() 関数を使います。タブ区切りテキスト (tsv) で出力できます。
write_tsv(テーブル名, "出力ファイル名")
標準の設定では、列の名前 (colnames) は出力されますが、rownames は出力されません。(tibble 形式のテーブルであれば、rownames を使ってないはずです。行の名前は、テーブルに含まれる列の1つとして扱います。)
write_tsv(result_data, "result_data.tsv")
出力する前に、データの並び替えをしたい場合は、 arrange() 関数でソートできます。(下記の例では、さらに desc() で降順にソートしてます。)
result_data <- inner_join(input_data, meta_data) %>%
select(Id, Symbol, Description, Sample1, Sample2) %>%
filter(Sample2 > 1) %>%
arrange(desc(Sample2))
write_tsv(result_data, "result_data.tsv")
> result_data
# A tibble: 3 x 5
Id Symbol Description Sample1 Sample2
<chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl>
1 id3 CCC lorem ipsum c 3 6
2 id2 BBB lorem ipsum b 2 5
3 id1 AAA lorem ipsum a 1 4