R (tidyverse), write_tsv

tibble 形式のテーブルを出力するには、write_tsv() 関数を使います。タブ区切りテキスト (tsv) で出力できます。

write_tsv(テーブル名, "出力ファイル名")

標準の設定では、列の名前 (colnames) は出力されますが、rownames は出力されません。(tibble 形式のテーブルであれば、rownames を使ってないはずです。行の名前は、テーブルに含まれる列の1つとして扱います。)

write_tsv(result_data, "result_data.tsv")

出力する前に、データの並び替えをしたい場合は、 arrange() 関数でソートできます。(下記の例では、さらに desc() で降順にソートしてます。)

result_data <- inner_join(input_data, meta_data) %>%
  select(Id, Symbol, Description, Sample1, Sample2) %>%
  filter(Sample2 > 1) %>%
  arrange(desc(Sample2))

write_tsv(result_data, "result_data.tsv")

> result_data
# A tibble: 3 x 5
  Id    Symbol Description   Sample1 Sample2
  <chr> <chr>  <chr>           <dbl>   <dbl>
1 id3   CCC    lorem ipsum c       3       6
2 id2   BBB    lorem ipsum b       2       5
3 id1   AAA    lorem ipsum a       1       4

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。