月: 2012年3月

今回も、引き続き、マイクロアレイ解析結果をLinuxコマンドを用いて簡単に操作する方法を紹介していきたいと思います。今回は、端末操作を楽にするコマンドを紹介したいと思います。

端末操作を煩わしく感じるのは、ディレクトリを行き来する際や、同じようなコマンドを何度も入力する時と思います。しかし、ちょっとした工夫で操作が楽しくなるので、活用頂けると幸いです。

使い方① （ディレクトリ移動）
pushd 記憶したいディレクトリ（例：. ~/work, /usr/bin 等）
popd 記憶されたディレクトリに戻る

サンプル＞

$ work       # 現在作業中のディレクトリ
pushd .      # pushdで、作業ディレクトリを記憶します。（. はカレント）

$ cd ../temp # 別のディレクトリに移動しました。
             # 移動後、色々なコマンドを使って作業を行います。
popd         # workディレクトリに戻りたい時、popdを使います。

$ work       # 前回記憶した作業ディレクトリに戻ります。

使い方②（以前使用したコマンドを呼び出す）
コマンドプロンプトに対して、[Ctrl を押しながら、 r]

サンプル＞

$ work       # 作業中に、以前のコマンドを編集したり、再利用したい場合
             # [Ctrl + r]を押すと、コマンド候補検索用の表示に変わります。

(reverse-i-search)`':
             # ヒントを入力すると、候補コマンドを表示します。
             # 以下は、cuと入力した例です。コマンド群が表示されました。

(reverse-i-search)`cu': cut -f1-3 file1.txt | sort > check/cut_file1.txt
             # 候補が表示された時、リターンキーで、候補が実行されます。
             # カーソルを右や左に移動すると、編集が可能です。
             # 編集が完了したら、リターンで実行します。

 

今回も、引き続き、マイクロアレイ解析結果をLinuxコマンドを用いて簡単に操作する方法を紹介していきたいと思います。今回は、行の整列に関する操作を扱いたいと思います。

データの昇順／降順の並べ替えは、データのチェック時に良く使用すると思いますが、
他の機能と組合わせて使うと効果なチェックを行ったり、形式を整えたりする事ができます。

使い方
sort data.txt または cat data.txt | sort
# タブ(\t)区切りのテキストファイルを、先頭列をキーにして昇順ソートします。
# 他にも、キーに使用するフィールドの指定や昇順／降順の指定などができます。

サンプル＞
$ cat sorttest.txt
orange 100
apple  150
banana 90
grape  300
melon  400
apple  150

# 単純なソート
$ cat sorttest.txt | sort
apple  150
apple  150
banana 90
grape  300
melon  400
orange 100

# 重複チェックと組み合わせ１（重複を除外）
$ cat sorttest.txt | sort | uniq
apple  150
banana 90
grape  300
melon  400
orange 100

# 重複チェックと組み合わせ２（重複のみ抽出）
$ cat sorttest.txt | sort | uniq -d
apple 150