color – 遺伝子発現解析（マイクロアレイ解析, RNA-seq）

前回の続きです。

特定の列の値に応じて色付けをするとき、条件式が使える、と紹介しましたが、条件式が複雑な場合は、予め mutate で色付けする条件を決めておく方が読みやすいコードになります。

plot_data <- input_data %>%
  mutate("condition" = if_else(Sample2 > 1, "high",
                       if_else(Sample2 < -1, "low", "middle")))

> plot_data
# A tibble: 100 x 3
   Sample1 Sample2 condition
     <dbl>   <dbl> <chr>
 1  0.0145   0.550 middle
 2  1.00    -0.627 middle
 3  0.193   -0.300 middle
 4  1.45     0.612 middle
 5 -1.25    -0.134 middle
 6  0.965    0.113 middle
 7  0.0219   0.351 middle
 8  0.0158  -1.11  low
 9  0.802    0.357 middle
10 -0.387   -0.828 middle
# … with 90 more rows

上記の例では、新たに condition として、色付け用の列を定義しています。if_else() 関数を用いて、 Sample2 > 1 のものを “high“、そうでない場合は、もう一度 if_else() で判定して、 Sample2 < -1 であれば、 “low“、それ以外を “middle” と定義しています。

if_else(条件式, 真の値, 偽の値)

例では、偽の値に、もう一度 if_else() を適用しています。（case_when() 関数を用いても良いです。）あとは、ここで定義した condition を aes() の color に指定するだけです。

g <- ggplot(plot_data, aes(Sample1, Sample2, color = condition))
g + geom_point()

凡例の順序を変えたい場合 (high, middle, low の順に変更したい）は、並び替えの場合と同様です。レベルを指定した factor として上書きします。

また、カラーをマニュアルで指定する場合は、ボックスプロットの時と同様です。 scale_color_manual() や scale_color_brewer() を用います。

最終的に、下記のようなコードになります。

plot_data <- input_data %>%
  mutate("condition" = if_else(Sample2 > 1, "high",
                       if_else(Sample2 < -1, "low", "middle"))) %>%
  mutate(condition = factor(condition, levels = c("high", "middle", "low")))

g <- ggplot(plot_data, aes(Sample1, Sample2, color = condition))
g + geom_point() + scale_color_brewer(palette = "RdYlGn")

散布図を色付けする際に、特定の列を color として使用できます。ボックスプロットの時と同様に aes() の中で、 color を指定します。

ggplot(input_data, aes(Sample1, Sample2, color = Sample2))

下記は、 Sample2 の列を color に指定した場合です。

input_data <- tibble("Sample1" = rnorm(100),
                     "Sample2" = rnorm(100))

g <- ggplot(input_data, aes(Sample1, Sample2, color = Sample2))
g + geom_point()

Sample2 の値（double, 連続値) に応じて、ドットがグラデーションで色付けされます。

color の指定には、直接、条件式を入力することもできます。下記は、「Sample2 > 1」を指定した例です。

g <- ggplot(input_data, aes(Sample1, Sample2, color = Sample2 > 1))
g + geom_point()

条件式の結果が、真または偽の離散値なので、色もグラデーションになりません。 Sample2 の値が 1より大きいところが真 (TRUE) なので、水色に表示されます。（それ以外は偽 (FALSE) の色。）

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ggplot2: 散布図を色付け2

ggplot2: 散布図を色付け