R のパッケージである tidyverse を使用すると、データの読み込み、変形、出力が簡単になります。特に、これから R を始められる方は、最初から tidyverse を使用した書き方で始める方が分かりやすいと思います。（細かいところは、従来のデータフレームの知識や書式が必要になるかもしれませんが。）
tidyverse を利用したコードのイメージ。
library(tidyverse)
input_data <- read_tsv("input_data.tsv")
meta_data <- read_tsv("meta_data.tsv")
output_data <- input_data %>% inner_join(meta_data)
write_tsv(output_data, "output_data.tsv")これだけのコードで、タブ区切りテキスト(TSV)形式のファイルを読み込んで、同じ列名のIDをキーに2つのテーブルを結合して、TSV形式で出力することができます。
短いコードで書くことができ、読みやすい表現が可能なことで、コードのメンテナンス性が良くなります。（多少、冗長な表現であったとしても、わかりやすい方が、後でコードを見返したときに困りません。）
single cell の解析に用いられているパッケージの Seurat など、最近のパッケージは、tidyverse をベースに使用しているため、R の従来の表現から、今後、tidyverse を使った新しい表現に切り替えていくことをお勧めします。
