発現変動している遺伝子の検討がついたら、重要そうな遺伝子については、リアルタイムPCRなどで確認 (validation) することになります。（論文投稿時に求められることもあるようです。）
その場合、内在性コントロールをどの遺伝子にするかは重要です。遺伝子によっては、マイクロアレイデータの変動と逆の結果が得られることになります。
内在性コントロールが変動する
これまでに、GAPDH など内在性コントロールとしてよく用いられる遺伝子であっても変動することが知られています。
マイクロアレイの場合は、せっかく、手元に全ての遺伝子のデータがあるのですから、ハウスキーピングなど、内在性コントロールとして用いられる遺伝子を一通り確認してみるとよいでしょう。（遺伝子名でピックアップすればよいです。）
たとえば、解析例1のデータから、内在性コントロールとしてよく用いられる遺伝子を抽出して、ヒートマップを作成すると下記のようになります。今回の場合、どれも変動はほとんど見られないようです。
同様に、自分のマイクロアレイデータの中から、変動していないように見えて、なおかつ、シグナル値の高いものを選ぶと良いでしょう。
