タンパク間相互作用 (Protein-Protein Interaction) や、遺伝子の制御関係などのネットワークを表示するソフトとして、 Cytoscape があります。操作方法がなかなか難しいと思いますが、多機能なソフトです。ネットワーク図を作成し、そのネットワーク図のレイアウトをグラフ理論のアルゴリズムによって変更し、ネットワーク上の遺伝子の色をマイクロアレイデータの増減に応じて色付けするといったことが可能です。また、 Cytoscape の中から、GeneMANIA を呼び出すということもできます（追加でインストールが必要です）。
インストールするまでが少し大変かもしれません。Cytoscape を実行するには、Java と呼ばれるプログラムが別に必要になります。パソコンに初めからインストールされていることもありますが、ない場合は自分で Java をインストールする必要があります。
無料で使えるソフトですが、LGPLというライセンスに同意しなければなりません。ただ、ネットワーク図を作成したり、表示したりということに関しては、気にする必要はありません。Cytoscape を利用して、新たにプログラムを開発するといった場合に適用されます。
統合tvにも解説があります。
