マイクロアレイ解析のフローチャート2までの結果として、「特定の（生物学的な）機能を持ち、かつ、特定の発現変動パターンを示した遺伝子群」が得られます。典型的なデータの場合、それは、数十から数百個の遺伝子となります。
次のステップとしては、いろいろ考えられます。その中でも定番ともいえる手法が、「上流解析」です。上流解析の考え方は、次のようなものです。
フローチャート2までに得られた遺伝子群は、同じ発現変動パターンを示しています。つまり、同じ遺伝子Xによって制御されているのでは？と想像します。もし、そのような遺伝子Xが存在するのであれば、その遺伝子Xの変化こそが、特定の遺伝子群を動かした原因と言えるのではないでしょうか？
マイクロアレイ解析の結果から、特定の遺伝子群が動いていた、その原因または理由を知りたいときは、この上流解析が1つの手段です。
では、どうやって、この遺伝子Xを探すのでしょうか？まず、遺伝子群をリストとして眺めていたのでは全体のイメージがつかみにくいでしょう。同じ機能を持った遺伝子どうしは、シグナル伝達や転写制御など、何らかの制御関係を持っているはずです。よって、それらの情報とともに見ることで、遺伝子どうしの前後関係がつかみやすくなります。これを行うのが、パスウェイ解析やネットワーク解析と呼ばれる手法です。
変動した遺伝子群をパスウェイやネットワークの図に当てはめてみて、そこから、遺伝子Xを探そうというものです。
