投稿者: Atsushi Doi

ファイル読み込み後の操作方法を説明します。

• ラベル変更方法
• グループ名の設定
• シグナル値の log2 変換

(6) ラベルの表示変更
各プローブにつけられたラベルは、メニューから、”Display -> Gene/Row Labels -> Label by GeneSymbol” などとして変更可能。

＊読み込み時に “Automaticaly download” と “Load Annotation” にチェックを入れて、生物種とアレイの製品名を選択すれば、自動的にアノテーションがダウンロードされ、ラベルとして使用できるようになります。すべての製品に対応しているわけではありませんし、ダウンロードされるアノテーションが最新のデータとは限りませんので、表示したいアノテーションは、あらかじめ準備されることを推奨します。

(7) サンプルのグループ名の設定

1. Sample Cluster を選択。
2. サンプルを複数選択。 (連続した領域は、シフトを押しながら複数選択できます。連続していない領域を複数選択する場合は、 Windows は Ctrl キー、 Mac はコマンドキーを押しながら選択します。)
3. Store Rows as Cluster を選択。
4. グループ名を入力。

設定例: WT と KO の2グループを設定

(8) シグナル値の log2 変換

• メニューから、 “Adjust Data -> Log Transformations -> Log2 Transform” を選択。
• UnLog2 Transform を選択すれば、log2 変換前の値に戻すこともできる。

 

Agilent のマイクロアレイデータを想定して、 MeV の操作方法を紹介します。

1. MeV の起動とファイルの読み込み
2. 階層的クラスタリング
3. t-検定

(1) MeV の起動

• MeV を起動するとメインのメニューバーと、ビューワーの2つのウィンドウが表示される。
• 複数のビューワーを開く場合は、メニューバーから操作する。解析は、ビューワーで行う。

 

(2) ファイルの読み込み (Expression File Loader)

• ビューワーのメニューから、 “File -> Load Data” と選択する。
• Expression File Loader のウィンドウが表れる。

• Affymetrix のデータの場合は、 GCOS や Bioconductor で処理された MAS5 や RMA の結果を読み込ませることができる。
• Agilent, Illumina, その他のアレイデータの形式であっても、タブ区切りのテキストファイルの形式であれば、読み込ませることができる。
• 1列目が ProbeID、2列目から遺伝子名などのアノテーション（複数列も可能）、アノテーションの次から最後の列までサンプルのシグナル値を並べる。

＊マイクロアレイデータがエクセルで開けるのであれば、タブ区切りのテキストファイルは、エクセルから「名前を付けて保存」などで保存形式（フォーマット）を「タブ区切りテキスト(.txt)」と指定すれば出力できます。

• 1) Browse ボタンからファイルを選択。
• 2) Single-Color Array を選択。
• 3) 生物種とアレイを選択。
• 4) シグナル値の先頭を選択。

(5) 読み込み後の画面

• 読み込みが終わるとヒートマップが表示される。