GO:0006954: inflammatory response には、 GO:0050728: negative regulation of inflammatory response と GO:0050729: positive regulation of inflammatory response が含まれます。
ポイント2
第2に、アノテーションの情報は更新され続けており、完全ではありません。まだ、活性とも抑制とも書かれていないこともありますし、活性と抑制のどちらも書かれていることもあります。(おそらくは、ある条件下で逆の働きをすることもあるのでしょう。)例えば、 Angiotensinogen (AGT) は、 negative regulation of neuron apoptotic process と positive regulation of apoptotic process の両方をアノテーションに持ちます。