パスウェイ解析
発現が増加または、減少した遺伝子の一群（発現変動遺伝子群）が、「どのパスウェイに多く含まれていたかを調べる」ものです。考え方は、GO解析と同様です。（パスウェイに含まれていることを、パスウェイにマップされているとも表現されます。）
特定のパスウェイに多く含まれていたこと（集中していたこと）を統計学的に有意かどうかを述べるには、GO解析の場合と同様に、下記の2点を考慮する必要があります。パスウェイに含まれている遺伝子の単純な個数で評価することは、望ましくありません。
- そのパスウェイに含まれる遺伝子が、ゲノム中にもともと多いのかどうか。
- 発現が増加または、減少した遺伝子の数が多いかのどうか。
1. パスウェイに含まれる遺伝子の数
たとえば、 “Pathways in cancer” のパスウェイなどは、パスウェイ上に描かれている遺伝子の数が多いです。そのため、このパスウェイに含まれる遺伝子は、それだけ見つかりやすいと考えられます。
2. 発現変動遺伝子の数
数千個の遺伝子が増加、または減少している状況では、あらゆるパスウェイにおいて、増加、減少した遺伝子が見つかります。
GO解析と同様に、DAVID などのサービスを利用すれば、上記の2点を考慮した各パスウェイごとの p-value が得られます。
パスウェイ解析で得られる結果
基本的にパスウェイ解析によって得られるのは、下記の2つものです。
- 特定のパスウェイに含まれる遺伝子のリスト（シグナル値と ratio, fold-change, Z-score, p-value などのスコア）
- 遺伝子発現の増減で色付けされたパスウェイの図
