マウスのデータベースは、 MGI であるのに対して、ラットのデータベースとして、 Rat Genome Database (RGD) があります。
マウスに対して、ラットでは QTL のデータが充実しているようです。それに関連して、 Disease Ontology もよく整理されています。下図は、 Obesity に関連した遺伝子がまとめられたページです。マウスとヒトのホモログの情報もいっしょに表示されますので、ラット以外を研究している研究者にとっても便利です。
また、パスウェイの情報もよく整理されていますので、おすすめです。
ある遺伝子のホモログを知りたいときは、 NCBI の HomoloGene データベースが利用できます。
遺伝子名などを入力して、”Search” をクリックすると、入力した遺伝子のホモログの一覧が表示されます。 続きを読む Homologene
マイクロアレイ解析の結果、確認したくなるのは、特定の生物学的な機能を持った遺伝子の変動パターン（増加したか減少したか）だと思います。この特定の機能を持った遺伝子のリストは、GOなどのアノテーションを見れば分かる場合もありますが、そうでない場合もあります。
例えば、転写因子である NF-kB のターゲットとなる遺伝子（制御される遺伝子、下流の遺伝子）は、アノテーションの情報からは知ることができません。このような場合では、インターネット上に公開された情報が役立つことがあります。
続きを読む NF-kB のターゲットとなる遺伝子を調べるには？
インプリンティングを受けることが知られている遺伝子 (imprinted genes) のデータベースがあります。その名の通り、 “geneimprint” です。
上部の “genes” をクリックすると、インプリンティングを受ける遺伝子のリストが確認できます。生物種ごとにまとめられています。
日本エピジェネティクス研究会のページにも、その他のデータベースへのリンク集があります。
* Dr. Randy L. Jirtle; http://randyjirtle.com
「特定の遺伝子が、どの組織で発現しているか？」を調べるには、 BioGPS を使います。遺伝子名またはタンパク名、プローブID (Affymetrix) で検索すると、対象の遺伝子の複数の組織や細胞における発現レベルが棒グラフで表示されます。また、発現レベルを表示するだけでなく、他のデータベースや、siRNAなどの試薬へのリンクもあります（レイアウトと呼ばれています）。
続きを読む BioGPS – ある遺伝子がどの組織で発現しているか？