ggplot2: マニュアルで色を指定する

aes() オブジェクトに color または fill を指定すると、グループに応じて色付けできます。このとき、色をマニュアルで指定するには、 scale_color_manual() または scale_fill_manual() を用います。 ggplot の aes() に fill を指定したのち、geom_boxplot() のあとに、プラス (+) で続けて指定します。

scale_fill_manual(values = c(色1, 色2, ...))

コードの例:

g <- ggplot(plot_data, aes(x = sample, y = read_count, fill = sample))
g + geom_boxplot() + scale_fill_manual(values = c("salmon", "royalblue"))
マニュアルで色を指定した例

複数の色を指定するには、予め定義されたパレットを用いると便利です。 RColorBrewer のパレットを使える scale_fill_brewer() 関数があります。

g + geom_boxplot() + scale_fill_brewer(palette = "Spectral")
scale_fill_brewer の例。

brewer のパレットに指定できる色の例です。YlOrRd, YlOrBr, Set1, Set2, Dark2, Spectral などがあります。（文字列として指定するので、ダブルクオーテーションで囲むのを忘れずに。）

RColorBrewer より。

scale_color_manual, scale_fill_manual()

https://ggplot2.tidyverse.org/reference/scale_manual.html
 

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投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター、主任研究員。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

「ggplot2: マニュアルで色を指定する」への1件のフィードバック

  1. ピンバック: ggplot2: 散布図を色付け2 – 遺伝子発現解析（マイクロアレイ解析, RNA-seq）

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