Connectivity Map は、 Broad Institute によって提供されている薬剤投与時のマイクロアレイデータのデータベースです。自分のデータにおいて変動した遺伝子が、「どの薬剤を加えた時に動いた遺伝子と似ているか？」を探すことができます。
論文は、2006年のものなので、データとしては新しくありません。使用されているマイクロアレイも当時のもの (Affymetrix GeneChip Human Genome U133A) です。
サンプル数が、6100個と多いのが特徴です。その中に、1300種類の薬剤を投与した時のデータがあります。ただ、使用されている細胞は限定的（5種類： HL60, MCF7, PC3, SKMEL5, ssMCF7）です。
MSigDB や GSEA と同様に、メールアドレスを登録してから使用します。研究者自身のマイクロアレイデータ（遺伝子発現データ）において、変動していた遺伝子を増加 (up) と減少 (down) に分けて、アップロードすると、似ている薬剤のリストが表示されます。
