Connectivity Map

Connectivity Map は、 Broad Institute によって提供されている薬剤投与時のマイクロアレイデータのデータベースです。自分のデータにおいて変動した遺伝子が、「どの薬剤を加えた時に動いた遺伝子と似ているか?」を探すことができます。

Connectivity Map のログイン画面。メールアドレスを登録して利用。
Connectivity Map のログイン画面。メールアドレスを登録して利用。

論文は、2006年のものなので、データとしては新しくありません。使用されているマイクロアレイも当時のもの (Affymetrix GeneChip Human Genome U133A) です。

サンプル数が、6100個と多いのが特徴です。その中に、1300種類の薬剤を投与した時のデータがあります。ただ、使用されている細胞は限定的(5種類: HL60, MCF7, PC3, SKMEL5, ssMCF7)です。

Connectivity Map の結果の表示例。
Connectivity Map の結果の表示例。

MSigDBGSEA と同様に、メールアドレスを登録してから使用します。研究者自身のマイクロアレイデータ(遺伝子発現データ)において、変動していた遺伝子を増加 (up) と減少 (down) に分けて、アップロードすると、似ている薬剤のリストが表示されます。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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