マイクロアレイデータの解析例 1.5 (機能解析の続き)

解析例1のデータのほかのタイムポイントの発現変動遺伝子も、DAVIDで確認してみましょう。

16hr の発現変動遺伝子

前回の 24hr の発現変動遺伝子と同様に、 ratio と Z-score によって判定された発現変動遺伝子を DAVID で確認してみます。

16hr の発現変動遺伝子を DAVID で解析した結果。
16hr の発現変動遺伝子を DAVID で解析した結果。

24hr のときとは異なり、かなり膜系のタンパク、GPCRなどのレセプターの変動が多い印象です。

16hr の比較におけるケラチンのアノテーションクラスター。
16hr の比較におけるケラチンのアノテーションクラスター。

また、ケラチンを含むアノテーションクラスターも上位にあります。Enrichment Score = 1.88  で有意といえます。(1.3を超えているので。)

16hr の比較におけるアポトーシスのアノテーションクラスター。
16hr の比較におけるアポトーシスのアノテーションクラスター。

一方、アポトーシスを含むアノテーションクラスターは、24hr のときと同様に、それほど多くありません。

40hr の発現変動遺伝子

同様に 40hr のタイムポイントにおける発現変動遺伝子も確認してみました。

40hr の発現変動遺伝子を DAVID で解析した結果。
40hr の発現変動遺伝子を DAVID で解析した結果。

トップは、 T-cell activation です。また、16hr と同様に膜系、レセプターが上位にきていますが、Enrichment Score は下がっています。(他の機能に分散している?)

40hr の比較におけるケラチンのアノテーションクラスター。
40hr の比較におけるケラチンのアノテーションクラスター。

ケラチンの変動はあまり見られなくなっています。16hr, 24hr, 40hr とだんだん変化がなくなるということでしょうか。

40hr の比較におけるアポトーシスのアノテーションクラスター。
40hr の比較におけるアポトーシスのアノテーションクラスター。

アポトーシス関連遺伝子の変動は、やはり少ないようです。

全体を通して、個人的には、アポトーシスの影響は小さいように感じました。また、増殖系への影響も少なそうです。膜タンパクの影響もありそうですが、24hr でいったん少なくなるのが解釈に困るような気がします。

今回の解析の内容は、あくまで主観的なものです。論文の内容を確認していませんし、フェノタイプに変化があるなら、必ずしも、DAVIDのスコアが高い必要はないと考えます。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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