基礎(3) マイクロアレイの数値化後のデータ

  • 一般的に、1 プローブに対して、シグナル値とフラグが存在する。
  • フラグは、A = Absent,  M = Marginal,  P = Present の3種類。Pは検出されたことを意味する。Aは未検出（欠損）を表し、Mは、PとAの境界を意味する。すべてのサンプルにおいて、フラグ A を示したプローブのシグナル値は解析に使用しない。

Illumina は、Flag の代わりに Detection_P という値がある。

Detection_P < 0.01 で検出。

 

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「基礎(3) マイクロアレイの数値化後のデータ」への1件のフィードバック

  1. Affymetrix においても、 Expresion Console を用いて数値化を行った場合、フラグが付きません。Expression Console 以前に使用されていたソフトウェア GCOS を用いて数値化した場合は、フラグが付きます。

    http://array.cell-innovator.com/?p=202

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