基礎(2) マイクロアレイデータの数値化

  • 数値化は、ソフトウェアやプログラムを使って行います。各アレイメーカーごとにソフトウェアが異なります。また、フリーのソフトウェアとして、Bioconductor* （統計処理ソフトウェア “R”** のパッケージ）を使用できます。数値化後のデータは、rawデータ （or なまデータ）とも呼ばれます。
  • Affymetrix社 : GCOS, Expression ConsoleTM （正規化も同時に行える）, Affymetrix Power Tool (APT)
  • Agilent社 : Feature Extraction または GeneSpring　（正規化とその後の解析も行える）
  • Illumina社 : GenomeStudio (出力結果は 1 プローブに 1 個のシグナル値の形式)

*http://www.bioconductor.org/

**http://www.r-project.org/

 

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