MA プロット(シグナル値の高低と ratio の関係)

通常、MAプロットは、log2変換された値を用いて示されます。

MA プロット。縦軸(M)、横軸(A)とも、log2変換された値。
MA プロット。縦軸(M)、横軸(A)とも、log2変換された値。

見慣れないというかたは、次の対数目盛り(2のべき乗)の結果と見比べてみてください。

目盛りを、対数目盛り(2の倍数)で表示した MA プロット図。
目盛りを、対数目盛り(2のべき乗)で表示した MA プロット図。

M = 0 のところが、2の0乗、すなわち、ratio = 1です。また、A = 10 は、2の10乗、すなわち、 1024です。赤い部分は、 ratio > 2 の遺伝子です。青い部分は、 ratio < 0.5 の遺伝子です。

プロット図の左に行くほど、シグナル値は低く、右に行くほど、シグナル値は高いです。赤い部分または青い部分を見ると、大きく変動している遺伝子が多いように見えますが、それらのほとんどが、シグナル値の低い部分に集中していることが実感できるのではないでしょうか?(シグナル値の平均値が 32 以下。)

シグナル値の高低と、ratio の関係。
シグナル値の高低と、ratio の関係。
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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