BioGPS – ある遺伝子がどの組織で発現しているか?

「特定の遺伝子が、どの組織で発現しているか?」を調べるには、 BioGPS を使います。遺伝子名またはタンパク名プローブID (Affymetrix) で検索すると、対象の遺伝子の複数の組織や細胞における発現レベルが棒グラフで表示されます。また、発現レベルを表示するだけでなく、他のデータベースや、siRNAなどの試薬へのリンクもあります(レイアウトと呼ばれています)。

遺伝子名を入力して検索。
遺伝子名を入力して検索。

検索結果に表示された候補から、見たい遺伝子を選択。
検索結果に表示された候補から、見たい遺伝子を選択。
複数の組織や細胞における発現レベルを棒グラフで確認。
複数の組織や細胞における発現レベルを棒グラフで確認。

 

BioGPS は、おもに Affymetrix 社のマイクロアレイ (GeneChip) を用いて、データを取得しています。データは、GEO に公開されており、ダウンロードして利用することもできます。

モバイルサイト(携帯、スマートフォン向けのページ)もあります。また、iPhoneアプリも公開されています。シンプルな画面で、ちょっと確認したいときは便利かもしれません。

iPhoneで表示した例。
iPhoneで表示した例。

* Wu C, MacLeod I, Su AI (2013) BioGPS and MyGene.info: organizing online, gene-entric information. Nucl. Acids Res.41(D1): D561-D565. (*Database Issue*)

* Wu C, Orozco C, Boyer J, Leglise M, Goodale J, Batalov S, Hodge CL, Haase J, Janes J, Huss JW 3rd, Su AI (2009) BioGPS: an extensible and customizable portal for querying and organizing gene annotation resources. Genome Biol.10(11):R130.

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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