BLAT を利用したプローブ配列の位置の検索

マイクロアレイ解析において、発現変動遺伝子を確認した後、「発現変動していた遺伝子に対するプローブの配列が、ゲノム上のどこに該当するか」を確認したいことがあると思います。これは、 USCS の BLAT で検索することができます。

1. プローブ配列の取得

まず、対象となるプローブの配列情報を入手する必要があります。これは各メーカーによって公開されています。Affymetrix 社であれば、NetAffx から、Agilent 社であれば、 eArray より取得できます。

例えば、Agilent 社のプローブ A_68_P22294038 の配列は、 “ATTCCATTACCATGCAGAACTACTAAAATATATTGTTCAAATAGTAGGAATCTATTTTCT” という60文字です。

2. BLAT

UCSC の BLAT にアクセスします。

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

  • (1) 生物種を選択します。
  • (2) プローブ配列を入力(ペースト)します。
  • (3) Submit をクリックします。
BLAT による検索。
BLAT による検索。

3. 結果の表示

検索結果が表示されます。複数ヒットすることもありますが、Score とマッチ率を参考に正しいものを選びます。ここでは、1件目と3件目が100%マッチですが、3件目はプローブの60文字中、20文字が一致しただけです。左端の “ACTIONS” から “browser” をクリックすると、位置の結果を表示できます。

結果の表示。
結果の表示。

4. 位置の確認

位置が表示されます。ボタンをクリックして、何度か Zoom out すると、プローブの対象となる遺伝子との位置関係を把握しやすくなります。ここでは、”Fbxw7″ が対象の遺伝子です。図中に “Your Sequence” とあるのが、1. で入力したプローブ配列です。1kbほど上流にあることが確認できます。

 

プローブ配列の位置の表示。
プローブ配列の位置の表示。

 

Zoom out して、対象となる遺伝子との位置関係を確認。
Zoom out して、対象となる遺伝子との位置関係を確認。
 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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