マイクロアレイ解析において、発現変動遺伝子を確認した後、「発現変動していた遺伝子に対するプローブの配列が、ゲノム上のどこに該当するか」を確認したいことがあると思います。これは、 USCS の BLAT で検索することができます。
1. プローブ配列の取得
まず、対象となるプローブの配列情報を入手する必要があります。これは各メーカーによって公開されています。Affymetrix 社であれば、NetAffx から、Agilent 社であれば、 eArray より取得できます。
例えば、Agilent 社のプローブ A_68_P22294038 の配列は、 “ATTCCATTACCATGCAGAACTACTAAAATATATTGTTCAAATAGTAGGAATCTATTTTCT” という60文字です。
2. BLAT
UCSC の BLAT にアクセスします。
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
- (1) 生物種を選択します。
- (2) プローブ配列を入力（ペースト）します。
- (3) Submit をクリックします。
3. 結果の表示
検索結果が表示されます。複数ヒットすることもありますが、Score とマッチ率を参考に正しいものを選びます。ここでは、1件目と3件目が100％マッチですが、3件目はプローブの60文字中、20文字が一致しただけです。左端の “ACTIONS” から “browser” をクリックすると、位置の結果を表示できます。
4. 位置の確認
位置が表示されます。ボタンをクリックして、何度か Zoom out すると、プローブの対象となる遺伝子との位置関係を把握しやすくなります。ここでは、”Fbxw7″ が対象の遺伝子です。図中に “Your Sequence” とあるのが、1. で入力したプローブ配列です。1kbほど上流にあることが確認できます。
