統計処理ソフト R (GNU R)

プログラミング言語の1つとして、 “R” という言語があります。”GNU R” や “R言語” とも呼ばれます。 R はプログラミング言語の中でも統計処理を得意としています。オープンソースという形で公開されていますので、誰でも無料で使用することができます。この “R” についての詳しい解説は、 RjpWikiR-Tips を参考にされるとよいでしょう。

R のメリット

  • 無料である。
  • bioconductor などライブラリ(他人が用意してくれているプログラム)が多い。
  • ボックスプロット、散布図、ヒートマップなどの作図もできる。

R のデメリット

  • コマンドを覚える必要がある。

ボックスプロットは、エクセルでもがんばれば作成することはできます。また、t-検定も行うことは可能です。しかし、大量のサンプルを扱う場合は、コマンドで操作できる R のほうがいいこともありますし、何と言っても bioconductor の存在が大きいです。統計処理ソフトとしては、SPSS, SAS, JMP などがありますが、R であれば、 bioconductor を使ってマイクロアレイデータを比較的簡単に扱うことができます。

 

株式会社セルイノベーターの受託解析でも、解析ツールとして、この Rbioconductor を利用しています。

 

投稿者:

Atsushi Doi

株式会社セルイノベーター 取締役、研究開発部部長。理学博士。山口大学大学院理工学研究科修了。東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターの特任助手を経て、株式会社GNIに主任研究員として勤務。その後、株式会社セルイノベーターの立ち上げに参加し、現在に至る。専門は、バイオインフォマティクス、おもにシステムバイオロジー。

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