DAVID 操作ガイド1

DAVID は、National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) によって提供されるデータベースで、無料で利用できます。
個々の遺伝子に割り当てられた注釈( アノテーション)情報を解析できます。おもに下記のような解析を行えます。

a. プローブ名、遺伝子名、タンパク名など、ID の相互変換。
b. マイクロアレイデータの解析結果で得られた1群の遺伝子(発現変動遺伝子)に多く含まれる「生物学的な機能」は何か?
c. マイクロアレイデータの解析結果で得られた1群の遺伝子(発現変動遺伝子)は、どのようなパスウェイに含まれる遺伝子か?

a. の例としては、Affymetrix のプローブ名 (Probe Set ID) を UNIGENE の ID に変換する、”GENBANK ACCESSION” を “ENTREZ GENE ID” に変換するなどがあげられます。複数の ID を一括して変更できるのが利点です。

b. の解析結果、その1群の遺伝子の持つアノテーションの中に、どの Gene Ontology (GO) タームが多く含まれるか知ることができます。GOタームは、 “Lipid Metabolism”, ”Cell Cycle”, “Apoptosis” など、生物学的な機能やイベントを表すタームです。対象となる遺伝子群の中に、「細胞周期に関連する遺伝子が多く含まれている」といったことが分かります。

c. の解析では、対象となる遺伝子が代謝経路やシグナル伝達系といった生物学的なパスウェイのどこに位置しているか、マップ上で確認することができます。

おおまかな解析の流れは、下記のようになります。
(1) インターネットエクスプローラーなどのブラウザで、DAVID にアクセス。
(2) 解析方法を選択。
(3) 発現変動遺伝子のリストをアップロード。
(4) 解析結果として、アノテーション情報のリストやパスウェイを表示させる。
(5) 解析結果をダウンロードする。

以下、実際の作業を順に解説します。(b., c. の解析例)