マイクロアレイ解析の結果、確認したくなるのは、特定の生物学的な機能を持った遺伝子の変動パターン（増加したか減少したか）だと思います。この特定の機能を持った遺伝子のリストは、GOなどのアノテーションを見れば分かる場合もありますが、そうでない場合もあります。
例えば、転写因子である NF-kB のターゲットとなる遺伝子（制御される遺伝子、下流の遺伝子）は、アノテーションの情報からは知ることができません。このような場合では、インターネット上に公開された情報が役立つことがあります。
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