インプリンティング遺伝子 (imprinted genes) のデータベース

インプリンティングを受けることが知られている遺伝子 (imprinted genes) のデータベースがあります。その名の通り、 “geneimprint” です。

 

geneimprint: インプリンティング遺伝子のデータベース。
geneimprint: インプリンティング遺伝子のデータベース。

上部の “genes” をクリックすると、インプリンティングを受ける遺伝子のリストが確認できます。生物種ごとにまとめられています。

インプリンティングを受ける遺伝子の一覧。
インプリンティングを受ける遺伝子の一覧。

日本エピジェネティクス研究会のページにも、その他のデータベースへのリンク集があります。

 

* Dr. Randy L. Jirtle; http://randyjirtle.com

 

MA プロット(シグナル値の高低と ratio の関係)

通常、MAプロットは、log2変換された値を用いて示されます。

MA プロット。縦軸(M)、横軸(A)とも、log2変換された値。
MA プロット。縦軸(M)、横軸(A)とも、log2変換された値。

見慣れないというかたは、次の対数目盛り(2のべき乗)の結果と見比べてみてください。

目盛りを、対数目盛り(2の倍数)で表示した MA プロット図。
目盛りを、対数目盛り(2のべき乗)で表示した MA プロット図。

M = 0 のところが、2の0乗、すなわち、ratio = 1です。また、A = 10 は、2の10乗、すなわち、 1024です。赤い部分は、 ratio > 2 の遺伝子です。青い部分は、 ratio < 0.5 の遺伝子です。

プロット図の左に行くほど、シグナル値は低く、右に行くほど、シグナル値は高いです。赤い部分または青い部分を見ると、大きく変動している遺伝子が多いように見えますが、それらのほとんどが、シグナル値の低い部分に集中していることが実感できるのではないでしょうか?(シグナル値の平均値が 32 以下。)

シグナル値の高低と、ratio の関係。
シグナル値の高低と、ratio の関係。